Село Верхний Кужебар основано в 1853 году, что подтверждается документами Минусинского и Красноярского архивов. В метрической книге Каратузской церкви есть запись о рождении 16 октября 1853 года дочери Параскевы Трофима Феофанова Парахина, крестьянина деревни Верхний Кужебар.
На дальнейшее развитие небольшой деревушки Верхний Кужебар значительное влияние оказало ее географическое положение. Селение оказалось конечным населенным пунктом на пути к Амыльским золотым приискам, разработка которых началась в 1830-х годах, и было удобным для создания перевалочной базы по снабжению приисков продовольствием и снаряжением. В начале 1850-х годов здесь базировалась резиденция нижнеамыльских золотопромышленников. Строятся склады, открывается лавка, где возвращавшиеся из тайги старатели обменивали намытое золото на товары и продукты питания.
В 1854 г. в деревне строится деревянная церковь, освященная во имя Покрова Святой Богородицы. После этого Верхний Кужебар приобретает статус села, население которого стремительно увеличивается. По переписи 1859 г. здесь числилось уже 146 дворов, в которых проживало 894 чел. Основным занятием местных жителей было земледелие и скотоводство, однако значительную часть населения составляли разночинцы – торговцы и ремесленники, обслуживавшие золотые прииски.
В этот же период начал работу Верхне-Кужебарский льнозавод – первое промышленное предприятие на территории нынешнего Каратузского района, работавшее на местном сырье и производивщее кудель и льно-волокно. (Завод просуществовал до середины ХХ в.).
В 1885 г. при церкви открывается церковно-приходская школа, где дети местных крестьян и разночинцев изучали Закон Божий, русский язык, чистописание и арифметику.
В 1890 г. на пожертвования золотопромышленников возводится новая церковь, при которой была учреждена публичная библиотека, доступная всем прихожанам. К Покровскому православному приходу приписываются деревни Александровка, Алексеевка и Нижне-Кужебарская. Последняя была основана почти одновременно с Верхним Кужебаром переселенцами из Пермской губернии и к началу ХХ в. представляла собой довольно крупное селение, насчитывающее 89 крестьянских хозяйств и 458 жителей. В 1914 г. в этой деревне открылся молитвенный дом, а год спустя – небольшая церковно-приходская школа, размещавшаяся в небольшом частном доме, взятом в аренду у местного жителя.
Большую популярность с. Верхний Кужебар принес так называемый «Святой колодец», вода в котором была не только очень чистой (родниковой), но и обладала целебными свойствами: ею промывали глаза, пили для избавления внутренних болезней. По преданию местные жители несколько раз видели плавающую на поверхности воды в колодце икону Божией матери. Но достать ее оттуда не удавалось. В 1909 г. (по другим источникам в 1908 г.) местные крестьяне по благословлению Енисейской епархии приобрели икону Тихвинской Божией Матери, в честь которой совершались ежегодные молебны и крестные ходы вокруг «Святого колодца». Празднование иконы, проходившее 26 июня, начиналось с литургии, после чего проходил крестный ход и совершался молебен с освящением воды, которую приносили с собой прихожане. В этот день в с. Верхний Кужебар собирались жители из всех ближайших деревень, число паломников в отдельные годы доходило до 2 тыс. человек. Традиция отмечать возле «Святого колодца» День Тихвинской Божией Матери (с соблюдением всех ритуалов), сохранилась до наших дней.
Верхний Кужебар вначале входил в состав Сагайской волости. Но в связи с ростом населения (в 1912 г. в селе было 2617 жителей) и увеличением количества появлявшихся вокруг деревень в 1914 г. была образована Верхне-Кужебарская волость, в которую были причислены кроме волостного села еще пять деревень: Андреевка, Томиловка, Алексеевка, Красносельская и Амыльская. Главными занятиями населения были хлебопашество, охота на пушного зверя, рыбная ловля и торговля (доставка продовольствия и утвари на золотые прииски). Продолжал работать льнозавод, имелось три мельницы, около десятка кустарных мастерских (слесарные, кожевенные, бондарные и т.д.), две кузницы. Церковно-приходская школа к этому времени расширилась. Она состояла из четырех отделений и размещалась в двух зданиях – старой церкви и в доме псаломщика.
С установлением советской власти Верхне-Кужебарскую волость объединили с Сагайской и Моторской, а в 1924 г. Верхне-Кужебарский сельсовет вошел в состав вновь образованного Каратузского района. В это время на территории Совета располагалось 6 населенных пунктов (село, две деревни, хутор и две заимки), число крестьянских хозяйств достигло 504, а количество жителей – 2687 чел. (Из них 2167 чел. жило в Верхнем Кужебаре). На территории Совета имелось уже две школы. Верхне-Кужебарская церковно-приходская была реорганизована в школу 1-й ступени, открылась школа (тоже 1-й ступени) в д. Александровка (бывший Амыльский поселенческий участок).
Развивается местная промышленность. Дополнительно к существовавшему льнозаводу открываются небольшие кирпичный и лесопильный заводы, работавшие на местном сырье.
В связи с тем, что основу населения Верхнего Кужебара составляли люди зажиточные, владевшие крепкими хозяйствами, занимавшиеся торговлей и промыслами, коллективизация сельского хозяйства здесь началась позже, чем в других населенных пунктах района и нередко сопровождалась обострившейся классовой борьбой. Так, в 1930 г. местные кулаки организовали вооруженную группу из 30 человек и подняли восстание против советской власти, в ходе которого погиб первый секретарь комсомольской организации села С.И.Калинин. (См. «Памятники»).
Тем не менее, уже в 1929 г. была организована сельскохозяйственная коммуна «Октябрина», объединившая около двух десятков беднейших хозяйств (первым председателем коммуны был Н.Д.Кобцев). Спустя год коммунары перешли на устав сельхозартели.
В начале 1930-х годов начинается период массовой коллективизации. Уже к весне на территории Верхне-Кужебарского сельсовета были организованы колхозы: им. Ленина, «Октябрина», им. Сталина, «Первое Мая», им. Буденного и «Таежный труженик», техническое обслуживание которых обеспечивала Моторская МТС. Через некоторое время происходит укрупнение мелких хозяйств. К 1940 г. их остается 4. Крупнейшим из них был колхоз им. Ленина, за которым было закреплено 5141,1 га земли, а численность работающих составляла 194 чел. Кроме этого в Верхнем Кужебаре было еще два колхоза – «Октябрина» и «Красный Амыл», в д. Александровка работал небольшой (24 колхозника, 1347,5 га земли) колхоз им. Куйбышева.
В 1936 г. в Верхнем Кужебаре стало две школы – старая начальная, размещавшаяся в частных домах, где занятия проходили в две смены. И семилетняя, для которой специально построили двухэтажное деревянное здание. Учились здесь дети и из соседних деревень, поэтому классы были переполнены – до 40 учеников в каждом.
Не обошло с. Верхний Кужебар и лихолетье Великой Отечественной войны. Из ушедших на фронт 367 человек возвратились домой только 137. Нехватка рабочих рук и техники (почти вся она износилась и вышла из строя) сказались на сокращении посевных площадей, уменьшении поголовья скота.
В послевоенные годы началось восстановление разрушенного хозяйства. В 1954 г. все колхозы Верхне-Кужебарского сельсовета объединились в один – им. Ленина, ставший со временем одним из крупнейших и стабильно работающих хозяйств района. Этому хозяйству везло на руководителей. Более тридцати лет им руководил В.К.Димитров, при котором колхоз по объему получаемой прибыли стал миллионером, хозяйством высокой культуры земледелия и животноводства. Благодаря содействию председателя сельсовета А.Т.Обезьянова много внимания уделялось развитию социальной сферы. Были построены двухэтажная кирпичная школа, ставшая к тому времени средней. Дом культуры, детский сад, десятки типовых жилых домов. На селе появился даже свой водопровод, для чего построили водопроводную башню, проложили сети.
Эстафету В.К.Димитрова успешно продолжал председатель В.М.Марченко, при котором хозяйство продолжало считаться передовым, строились новые двухэтажные жилые дома, участковая больница на 25 коек, крупный животноводческий комплекс, новое здание детского сада-яслей «Ромашка» на 90 мест, телетранслятор, асфальтируются улицы, реконструируются и строятся новые магазины, другие объекты. В конце 1980-х гг. в Верхнем Кужебаре действовал даже местный аэродром, откуда совершались авиарейсы в Абакан и Красноярск.
С 1947 г. по 1988 г. в Верхнем Кужебаре действовала метеостанция Красноярского гидрометеоцентра, показания которой использовались для метеопрогнозов на юге Красноярского края.
До 1990-х гг. развивалась местная промышленность. В Верхнем Кужебаре базировался Каратузский ДОК (деревообрабатывающий комбинат), который изготавливал брус, дранку, плаху, доски разных сечений, производил пихтовое масло, из кедрового шпона делали сита и корзины.
В 1959 г. был открыт Каратузский зверопромхоз, который работал со штатными промысловиками, закупал у населения пушнину, рыбу, ягоды, мед. После закрытия (1971 г.) на базе зверопромхоза открылся приемный пункт «Соболенок» Каратузского сельпо, которой продолжал закуп у населения как продукции сельского хозяйства (мясо, молоко, масло, яйца) так и таежных даров (клюквы, кедрового ореха, папоротника, лекарственных растений). В структуру сельпо кроме заготпункта входили 7 магазинов и хлебопекарня, на базе которой в начале 1980-х годов был создан Верхне-Кужебарский хлебозавод, выпекавший ежемесячно более 40 т хлеба, славящегося своими вкусовыми качествами на всю округу.
В начале 1990-х гг., в ходе начавшихся в стране реформ, большинство предприятий и организаций прекратили свое существование. По состоянию на 2007 г. на территории Верхне-Кужебарского сельсовета имеется два населенных пункта (с. Верхний Кужебар и д. Алексеевка) с общим населением менее 1200 чел. Основным производственным коллективом является сельхозартель (колхоз) им. Ленина, где количество пашни и поголовье скота сократилось в 2,5-3 раза. Действуют Верхне-Кужебарский сельский Центр культуры (СДК и сельская библиотека), в д. Алексеевка – сельский клуб. Имеются участковая больница на 10 коек, детский сад, средняя школа, работают 5 торговых точек.